Van sommige aangeboren hartafwijkingen weten we dat ze erfelijk zijn. Dan is er een variatie in het genetische materiaal, waardoor de hartafwijking ontstaat. Soms zien we dan ook op andere gebieden, bijvoorbeeld de hersenen of de nieren, aanlegstoornissen. Aangeboren hartwijkingen komen vaak voor bij chromosoomafwijkingen. Voorbeelden daarvan zijn het syndroom van Down, 22q11.2 deletie syndroom en het syndroom van Turner. Ook zien we vaker hartafwijkingen bij moeders met suikerziekte, bij moeders die bepaalde medicijnen moeten slikken of ziek zijn geweest tijdens de zwangerschap.